Compõem a estrutura administrativa da FESMPDFT os seguintes órgãos, cujos cargos são privativos de Membros do Ministério Público:

I – Conselho Curador:
Órgão máximo da FUNDAÇÃO que será composto por seis Conselheiros efetivos e dois suplentes, com mandato de quatro anos.

II – Conselho Administrativo:
Órgão de planejamento, definição, decisão e execução referentes às ações administrativas, de ensino, contábeis e financeiras da FUNDAÇÃO, e será composto por cinco Diretores efetivos.

III – Conselho Fiscal:
Órgão fiscalizador da administração contábil-econômico-financeira da FUNDAÇÃO, sendo composto por três Conselheiros titulares e três suplentes. Seus membros são escolhidos e empossados pelo Conselho Curador para um mandato de dois anos.